Die Kongregation der Mariannhiller Missionare, ein noch junger katholischer Männerorden, ließ 1927 eine große Klosteranlage vom weitläufig bekannten Kirchenbaumeister Prof. Dr. Albert Boßlet errichten.
Sie ist der Vorläufer der berühmten Benediktiner-Abtei Münsterschwarzach, und ihre Kirche gilt als erster moderner Kirchenbau Würzburgs. Im Stadtbild weithin sichtbar, sollte Mariannhill einen Gegenpol zur Festung Marienberg bilden.
Die Weihe der Kirche fand am 28. April 1929 statt. Die Steinmeyer-Orgel wurde 1949 eingeweiht.
Im Kircheninneren fällt die ungewöhnliche (originale) Farbgebung auf, vor allem die in verschiedenen Braun- und Orangetönen gehaltene Decke.
Morgens und abends ist es interessant, die Farbspiele der Sonne mit den bunt verglasten Kirchenfenstern zu beobachten. Sie variieren mit der Jahreszeit.
Die Akustik der Kirche genießt genau wie die große Steinmeyer-Orgel einen hervorragenden Ruf.
Unter dem Altarraum befindet sich die Heilig-Kreuz-Krypta. Sie bietet bei entsprechender Bestuhlung knapp hundert Leuten Platz und ist mehrmals täglich Ort liturgischer Handlungen wie der Stundengebete und Messen.
Zur musikalischen Begleitung steht hier eine Johannes-Strebel-Orgel von 1906 zur Verfügung.
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